Grand Central Terminal est la plus importante gare au monde par son nombre de quais : 44, qui donnent sur 67 voies. Elles sont réparties sur deux niveaux, 41 au niveau supérieur et 26 pour l’inférieur.
A côté des quais, on trouve une galerie marchande, avec plusieurs restaurants, des fast-foods, kiosques à journaux, soit plus d’une quarantaine de commerces.
- Le Hall principal : C'est le cœur de la gare, où l’on trouve les guichets.
- Hall des restaurants : Situé sous le hall principal, auquel il est relié par de nombreux escaliers et ascenseurs. On y trouve surtout des fast-foods.
- Hall Vanderbilt : Bien que faisant partie de la gare, ce hall prestigieux est loué, utilisé pour différentes manifestations privées ou publiques.
- Grand Central North : C’est une extension moderne qui permet d’accéder à la gare à partir des 47e et 48e rues. De là, on peut rejoindre le hall principal par deux galeries qui longent les voies.
- Station de métro : Accessible depuis le hall principal.
Tous les plans détaillés de la gare sont accessibles directement depuis le serveur de la CTU, ainsi que les codes d'accès pour une connexion directe sur les caméras disposés un peu partout dans les zones publiques et réservés.
Certaines zones sensibles nécessitent des accès directs depuis le poste de contrôle de la gare.
La gare étant classé comme site sensible, la CTU a déjà travaillé sur plusieurs simulations d'attaques terroristes sur ce lieu et dispose donc de nombreuses informations, accesibles rapidement.